De impact van next gen sequencing en whole genome sequencing in de moleculaire diagnostiek van patiënten met kanker

Om het menselijk genoom, waarin de complete genetische samenstelling van de mens is te vinden, in kaart te kunnen brengen, bestaan er beloftevolle technieken als next gen sequencing en  whole genome sequencing. Ed Schuuring, Hoogleraar in de Moleculaire Oncologische Pathologie en Klinisch Moleculair Bioloog in de Pathologie bij het UMCG, vertelt over een aantal van deze ontwikkelingen.

Door: Dimitri Reijerman

Schuuring onderzoekt samen met zijn collega’s onder andere kankercellen. Hij vertelt:
“Als wij bij de pathologie een tumorbiopt,  een stukje menselijk weefsel, binnenkrijgen, kijken we al honderd jaar lang – sinds de microscoop er is – naar bepaalde eigenschappen om te kijken of het kanker is en zo ja, welk type kanker. De afgelopen jaren is het vakgebied sterk verbeterd door bijvoorbeeld naar eiwitexpressies te kijken die bijdragen aan de stadiering en een betere classificatie van de tumoren. De nieuwe ontwikkeling is dat we nu op basis van de genetische samenstelling van een tumor, de tumoren nog beter kunnen karakteriseren en optimalere behandelingen kunnen geven.”

“Je ziet dat alles langzaam verschuift naar de moleculaire diagnostiek, naar onderzoeksmethodes waarmee je bv met next gen sequencing een genetisch tumor profiel kunt maken Ik verwacht dat de patholoog binnenkort de microscoop veel minder vaak nodig heeft dan dat we momenteel doen.”

 “Een belangrijke nieuwe ontwikkeling bij de behandeling van kankerpatiënten is dat er voor sommige genetische afwijkingen die je in de tumor vindt, specifieke geneesmiddelen beschikbaar zijn die doelgericht aangrijpen op de kankercellen met deze afwijking”, vertelt de hoogleraar. “We hebben een lijst van zo’n vijftien tot dertig markers waarvoor we een doelgericht geneesmiddel beschikbaar hebben. Dat noemen we therapie op maat. De behandeling van longkanker loopt daarbij het meest voorop. In de officiële nationale richtlijn voor longkanker worden nu al 12 genen genoemd die getest moeten worden en waarvoor, wanneer een afwijking gevonden wordt, doelgerichte therapie beschikbaar is. Het betreffende geneesmiddel moet wel in het basispakket zitten, gereguleerd zijn en makkelijk beschikbaar voor alle patiënten.

Duurder maar efficiënter

Schuuring licht verder toe: “De ontwikkelingen staan niet stil en er komen steeds meer nieuwe geneesmiddelen gericht tegen afwijkingen in weer andere genen beschikbaar die in klinische studies effectief zijn. Alhoewel de kosten voor deze testen momenteel niet helemaal vergoed worden, zouden we ook voor deze genen moeten testen om zodoende de nieuwe doelgerichte geneesmiddelen toegankelijk te maken voor alle kankerpatiënten. Dus als patiënt zou je nu al voor een breed pakket aan genen getest willen worden. Ik denk dat we uiteindelijk naar minstens vijftig genen zouden moeten kijken. Zodoende kom je dus uit bij een brede next gen sequencing methode, waarbij je niet kijkt naar één genetische afwijking maar heel veel afwijkingen tegelijk. Daarmee maak je in feite een belangrijke efficiëntieslag: de NGS-test is weliswaar iets duurder dan een single-gene-test, maar je bekijkt wel tientallen genen tegelijkertijd.”

En tenslotte is daar nog whole genome sequencing (WGS): “Die tests zijn relatief duur, maar je brengt wel het hele genoom (dus alle genetische afwijkingen) van een tumor in kaart. Dat is de verschuiving, gedreven door alle nieuwe medicijnen die er aankomen. De inzet van WGS heeft meerdere consequenties, zegt Schuuring: “Stel je gaat bij longkanker het hele genoom sequencen met WGS. Daar kunnen dan heel veel verschillende DNA afwijkingen uit tevoorschijn komen. Maar als je vervolgens met de meeste informatie nu niets kan doen, dan is dat een belangrijke reden om nu niet alleen maar WGS te gaan doen maar ook brede NGS waarmee je meer dan 500 genen kunt analyseren. Een belangrijke overweging om brede NGS testen te gebruiken is dat deze testen niet alleen op vers/vriesweefsel maar ook ingebed weefsel (in paraffine-blokjes) dat standaard van alle weefsel in alle pathologielabs wordt opgeslagen, en dat brede NGS op dit moment alle relevante DNA afwijkingen kunnen identificeren. Daarom verwacht ik nog geen brede inzet in de huidige diagnostiek van dure WGS in de komende jaren behalve voor hele specifieke diagnostische vragen zoals in de kinderoncologie of bij primaire-tumor-onbekend.”

“Ook zit er een politiek kant aan: hoe passen deze ontwikkelingen in de huidige zorg? Ik help mee om de minister te adviseren over hoe we de komende vijf jaar de zorg beter kunnen inrichten en daarbij elke kankerpatiënt in Nederland gelijke kansen op toegankelijkheid tot alle beschikbare doelgerichte geneesmiddelen bieden. Het is een hele andere diagnostiek dan die we nu doen. Het kost veel geld en in de huidige setting moeten we eerder gaan bezuinigen op de zorg.”