Meer uit complexe samples halen: sample prep als sleutel tot diepere proteomics-data!
Meer uit complexe samples halen: sample prep als sleutel tot diepere proteomics-data!
Binnen proteomics ligt de aandacht vaak op de prestaties van de massaspectrometer, de LC-methode of de data-analyse. Toch begint betrouwbare en reproduceerbare LC-MS/MS-data veel eerder in de workflow: bij de sample preparation.
Vooral bij complexe biologische samples, zoals plasma, cerebrospinaal vocht of urine, kan het lastig zijn om lage-abundantie eiwitten en peptiden goed zichtbaar te maken. Hoog-abundante componenten kunnen relevante signalen overschaduwen, waardoor een deel van de biologische informatie moeilijk detecteerbaar blijft. Voor labs die werken aan biomarker discovery, klinische proteomics of andere toepassingen waarbij dieper inzicht in het proteoom belangrijk is, kan sample prep daarom een bepalende stap zijn.
Van productkeuze naar workflowkeuze
De vraag is niet altijd welk product het meest geavanceerd is, maar welke workflow past bij het sampletype, de onderzoeksdoelen en de bestaande LC-MS/MS-opstelling. Veel laboratoria willen hun huidige workflow verbeteren zonder direct over te stappen op een volledig nieuw of gesloten platform. Juist daar ligt de waarde van flexibele sample prep-oplossingen.
MS Wil ondersteunt Europese laboratoria met specialistische producten voor sample preparation, scheiding en ionisatie. De focus ligt daarbij niet op één vaste route, maar op praktische keuzes die aansluiten bij bestaande workflows.
Nanotrap Protein Enrichment Affinity Kits
Een voorbeeld binnen het sample prep-portfolio is de Nanotrap® Protein Enrichment Affinity Kit. Deze kits maken gebruik van magnetische, affinity-capture hydrogel particles om lage-abundantie eiwitten en peptiden uit complexe samples te vangen en te concentreren. Hierdoor kunnen deze componenten beter worden gedetecteerd in LC-MS/MS-analyses.
Volgens de beschikbare productinformatie zijn de Nanotrap-kits ontwikkeld voor een vereenvoudigde en snelle workflow, met een verwerkingstijd van ongeveer 45 minuten van ruw sample tot verrijkte eiwitten. De technologie is gericht op betere kwantitatieve precisie, met mediane CV’s onder 5%, en diepere toegang tot het proteoom, met 3–5 keer meer protein IDs dan andere methoden.
De kits zijn beschikbaar voor verschillende sampletypes, waaronder plasma, cerebrospinaal vocht en urine. Daarnaast kunnen verschillende Nanotrap-particles worden gecombineerd om de proteoomdekking voor een specifieke toepassing te optimaliseren.
Praktische relevantie voor proteomics labs
Voor laboratoria die werken met plasma- of serumproteomics, biomarker discovery of low-abundance proteins kan verrijking een interessante route zijn om meer informatie uit bestaande samples te halen. Daarbij hoeft de verbetering niet altijd te liggen in een volledig nieuwe infrastructuur. Soms kan een gerichte aanpassing in de sample prep-stap al helpen om de bestaande LC-MS/MS-workflow beter te benutten.
Dit sluit aan bij een bredere ontwikkeling binnen proteomics: labs zoeken naar meer diepte, reproduceerbaarheid en flexibiliteit, maar willen tegelijkertijd controle houden over hun eigen workflow. Een onafhankelijke benadering, waarbij meerdere sample prep-routes naast elkaar kunnen worden bekeken, helpt onderzoekers om een keuze te maken die inhoudelijk én praktisch verdedigbaar is.
Ondersteuning bij de juiste workflowroute
MS Wil kijkt graag mee naar de vraag welke sample prep-route past bij een specifieke toepassing. Dat kan gaan om protein enrichment, reproduceerbare digestie, high-throughput sample preparation, phosphopeptide enrichment of andere stappen binnen de LC-MS/MS-workflow.
Niet elk lab heeft dezelfde oplossing nodig. De juiste keuze hangt af van het sampletype, de gewenste diepte, het aantal samples, de bestaande instrumentatie en de mate waarin een workflow schaalbaar moet zijn.
Met producten zoals de Nanotrap Protein Enrichment Affinity Kit biedt MS Wil een praktische route voor labs die meer uit complexe samples willen halen, zonder direct vast te zitten aan één volledig platform.
Meer informatie over de Nanotrap Protein Enrichment Affinity Kit is beschikbaar via MS Wil.