CinderBio HTA-Proteases voor snellere proteomics sample prep
Proteomics workflows vragen om een efficiënte en reproduceerbare eiwitdigestie. Deze stap heeft directe invloed op de kwaliteit van de LC-MS/MS-data.
Toch kan digestie een knelpunt zijn. Standaard workflows kosten vaak veel tijd. Ook zijn er meestal extra stappen nodig, zoals reductie en alkylering.
De CinderBio HTA-Proteases zijn ontwikkeld om eiwitdigestie sneller en eenvoudiger te maken. Ze werken onder extreme condities: hoge temperatuur en lage pH.
Proteases voor uitdagende samples
HTA staat voor HyperThermoacidic Archaeal Proteases. Deze enzymen zijn afkomstig van Archaea. Dit zijn micro-organismen die kunnen leven onder extreme omstandigheden.
De proteases van CinderBio zijn actief bij 80 °C en pH 3. Daardoor kunnen eiwitten efficiënt worden verteerd zonder chaotrope stoffen, reductie of alkylering.
Dit kan vooral interessant zijn voor labs die werken met lastige eiwitgroepen. Denk aan membraaneiwitten en nucleoproteïnen.
Vesuvius en Krakatoa
CinderBio biedt twee HTA-Proteases: Vesuvius en Krakatoa.
Beide enzymen zijn thermopsin proteases. Ze hebben een andere specificiteit dan veel standaard proteases. Volgens de productinformatie hebben Vesuvius en Krakatoa een voorkeur voor de aminozuren E, L en F.
Daardoor kunnen ze andere peptiden en eiwitidentificaties opleveren. Dit maakt ze interessant als aanvulling op bestaande proteomics workflows.
Meer informatie uit dezelfde workflow
Het gebruik van een ander protease kan extra proteoomdekking geven. Dit kan helpen om nieuwe informatie uit bestaande samples te halen.
Volgens de productinformatie kunnen CinderBio HTA-Proteases bijdragen aan meer proteoomdekking en nieuwe discovery space. Ook worden korte digestietijden bij hoge temperatuur genoemd.
Voor labs die hun LC-MS/MS workflow willen verdiepen, kan dit een praktische stap zijn. Niet door de volledige workflow te vervangen, maar door de digestiestap anders in te richten.
Praktisch in gebruik
De CinderBio HTA-Proteases worden ready-to-use geleverd. Volgens de productinformatie kunnen ze meer dan twee jaar bij kamertemperatuur worden bewaard.
De reactiecondities zijn 80 °C en pH 3. Er zijn geen chaotrope stoffen of alkylerende middelen nodig.
Ook vermeldt de productpagina dat er geen waarneembare autolyse is. Dat kan helpen om de achtergrond in de analyse te beperken.
Onderdeel van sample prep
De keuze voor een protease hangt af van het sample en het doel van het onderzoek. Soms is een standaard protease voldoende. In andere gevallen kan een aanvullend enzym extra informatie geven.
Daarom is digestie niet alleen een vaste stap. Het is ook een keuze binnen de sample prep workflow.
MS Wil ondersteunt Europese labs bij het vinden van passende oplossingen voor sample prep en LC-MS/MS.
Binnen het bredere sample prep portfolio zijn meerdere routes beschikbaar. Denk aan digestion, protein enrichment, plasma enrichment en peptide enrichment.
Meer informatie
Voor labs die hun proteomics digestie willen versnellen of verdiepen, kunnen de CinderBio HTA-Proteases een interessante optie zijn.
Meer informatie is beschikbaar via de productpagina van MS Wil:
https://www.mswil.com/sample-prep/cinderbio-hta-proteases/